Autour de lui, plusieurs directions assurent le pilotage opérationnel :
- Opérations et gestion des incidents ;
- Normes et politiques de sécurité ;
- Communication, formation et sensibilisation ;
- Affaires juridiques et internationales ;
- Administration et finances.
Chaque direction travaille en lien étroit avec les parties prenantes pour adapter les réponses aux réalités du terrain. La gouvernance de l'ANSSI se veut participative. L'équipe échange régulièrement avec les ministères, entreprises, ONG, et experts pour ajuster ses priorités.